Der CAE, welcher dem französischen Premier Minister direkt unterstellt ist, wird seit 2001 durch einen vom französischen Premier Minister delegierten Präsidenten geleitet. Der Vorsitzende des CAE verfügt über ein permanentes Kabinett, das sich aus einem Generalsekretär, vier Wirtschaftsexperten und einem Forschungsassistenten zusammensetzt.

Der CAE findet sich einmal im Monat zu einer Vollversammlung ein, um die vom Premier Minister in Auftrag gegebenen Themen festzulegen. Mitglieder des CAE stellen anschließend ihre Arbeit in einem Bericht vor. Bei der nächsten Vollversammlung wird der Bericht dem Premier Minister vorgestellt, welcher nun auch persönlich den Vorsitz der Versammlung übernimmt. Darauf folgend wird der Bericht, inklusive Kommentaren und Anhang veröffentlicht. Seit seiner Gründung hielt der CAE 134 Vollversammlungen ab, wobei 24 vom Premierminister und 35 von einem anderen zuständigen Minister geleitet wurden.

Diese Maßnahmenvorschläge werden in Arbeitsgruppen, die sich aus Beamten, Unternehmern und Universitätsprofessoren zusammensetzen, vorbereitet. Ziel der Teamarbeit ist auf ein möglichst breites Wissensspektrum zurückzugreifen.